欢迎使用 CropGBM！

Crop Genomic Breeding machine（CropGBM）是一款集数据预处理，种群结构分析，SNP 筛选，表型预测，数据可视化等多功能为一体的 Python3 程序。 具有以下优点：

• 使用 LightGBM 算法快速、准确地预测表型值，支持 GPU 加速训练。
• 支持筛选与表型相关性强的 SNP 位点并可视化
• 支持 PCA 和 t-SNE 两种降维算法提取 SNP 信息。
• 支持 Kmeans 和 OPTICS 两种聚类算法分析样本群体结构。
• 绘制基因型数据杂合率、缺失率、次等位基因频率等分布直方图。

英文版文档：https://ibreeding.github.io

源代码地址：https://github.com/YuetongXU/CropGBM

推荐 conda 安装：$ conda install -c xu_cau_cab cropgbm

引用地址：Jun Yan, Yuetong Xu, Qian Cheng, Shuqin Jiang, Qian Wang, Yingjie Xiao, Chuang Ma, Jianbing Yan and Xiangfeng Wang. LightGBM: accelerated genomically-designed crop breeding through ensemble learning.

附加数据: https://github.com/YuetongXU/Cropgbm-Paper

联系我们：cropgbm@163.com

注意：软件仅用于学术使用，商业使用需先联系我们。